Berdasarkan Peraturan Pemerintah nomor 60 tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah dan Peraturan menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia nomor 47 tahun 2011 tentang Satuan Pengawasan Intern di Lingkungan Kementrian Pendidikan Nasional maka Universitas Jember sebagai salah satu Unit kerja kementrian Pendidikan Nasional membentuk Satuan Pengawasan Internal Universitas Jember.

Tujuan dibentuknya Satuan Pengawasan Internal sesuai dengan pengertian pada Permendiknas nomor 47 tahun 2011 pasal 1 ayat 1 adalah untuk melaksanakan proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain terhadap penyelenggaraan tugas dan fungsi organisasi yang bertujuan untuk mengendalikan kegiatan, mengamanka harta dan aset, terselenggaranya laporan keuangan yang baik, meningkatkan efektivitas dan efisiensi, dan mendeteksi secara dini terjadinya penyimpangan dan ketidakpatuhan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan sehingga terbentuk “Good University Governance”

Dalam rangka mewujudkan Good University Governance, Universitas Jember terus melakukan pembenahan internal. Salah satu usaha nyata dari Universitas Jember dalam mewujudkan tata kelola Universitas yang baik, pada awal Mei 2012 Rektor Universitas Jember membentuk satuan kerja baru yaitu Satuan Pengawasan Internal (SPI). Keberadaan SPI di lingkungan Universitas merupakan kebutuhan untuk meningkatkan akuntabilitas dalam pengelolaan Universitas.
Untuk mendukung hal tersebut, Rektor Universitas Jember telah mengeluarkan Surat Keputusan Nomor :4924/UN25/TU.2/2012 tanggal 1 Mei 2012 tentang pembentukan Satuan Pengawasan Internal (SPI) Universitas Jember. SPI merupakan satuan pengawasan yang dibentuk dalam rangka membantu terselenggaranya pengawasan terhadap pelaksanaan tugas unit kerja dilingkungan Universitas Jember dengan menyelenggarakan fungsi:
a. penyusunan program pengawasan;
b. pengawasan kebijakan dan program;
c. pengawasan pengelolaan kepegawaian, keuangan, dan barang milik negara;
d. pemantauan dan pengkoordinasian tindak lanjut hasil pemeriksaan internal dan eksternal;
e. pendampingan dan reviu laporan keuangan;
f. pemberian saran dan rekomendasi;
g. penyusunan laporan hasil pengawasan;
h. pelaksanaan evaluasi hasil pengawasan